Le programme quinquennal 2010-2014 comportait trois axes principaux, un axe transversal et deux axes émergents.
- Les élites européennes du XVIe siècle à nos jours: modèles, transferts, singularités
- Identité et territoires des villes portuaires (XVI-XXe siècles)
- Pouvoirs dans les mondes moderne et contemporains (Acteurs et institutions; Savoirs et pratiques; Discours et représentations, XVIe-XXe siècles)
- Une thématique transversale qui est adossée aux trois axes ci-dessus autour de l’Europe centrale : Les formes et l’enjeu de l’échange entre la France et l’Europe centrale 1619-1989.
- Deux axes émergents :
– La ville : espace de valorisation de ses produits des « terroirs »